روز شنبه 21 اردیبهشت، هاشمی رفسنجانی در دقایق پایانیِ مهلت ثبت نام برای شرکت در انتخابات خرداد ثبت نام نمود. خبر مزبور بلافاصله تیتر اول سایت های پر خواننده ایرانی را بخود اختصاص داد. شایعات در داخل و خارج ایران حکایت از آن می کرد که علت ورود رفسنجانی در دقایق پایانی به رقابت های انتخاباتی، حضور اسفندیار رحیم مشائی، نامزد حمایت شده از طرف احمدی نژاد،  دشمن سر سخت رفسنجانی، در آخرین لحظات بوده است. اما اخباری که از دفتر رفسنجانی به بیرون درز پیدا کرد نشان می دهد که واقعیت چیز دیگری بوده است.

غلامعلی رجائی مشاور و عضو دفتر رفسنجانی مشاهداتش را از روند وقایع در آخرین روز منتهی به ثبت نام رفسنجانی چنین گزارش می کند. صبح روز شنبه رفسنجانی در برابر پرسش های پیاپی در مورد حضور و یا عدم حضورش در انتخابات می گوید: "من باید با رهبری مشورت كنم، اگر سكوت كردند می‌آیم...ولی اگرمخالفت كردند حتما نمی‌آیم". طبق گفته رجائی ساعت پنج بعد از ظهر، یک ساعت مانده به پایان مهلت ثبت نام، رفسنجانی می گوید كه "هنوز منتظر نظر رهبری است".

رجائی در ادامه می نویسد: " ...خدمت ایشان عرض شد...اگر نمی آیید خوب است دلیل نیامدنتان را به مردم بگویید وبیانیه ای  صادر کنید...پذیرفتند وبه ما فرمودند متنی تهیه کنیم.فورا ازمحضرشان مرخص شدیم وبه اتاق مجاور رفتیم ومشغول تهیه متن پیشنهادی شدیم. "

رجائی تحولات لحظات آخر را چنین گزارش می کند: "...ساعت حدود پنج ونیم بود و متن داشت تمام می‌شد كه حاج آقای علیخانی (مشاور پارلمانی رفسنجانی) به در اتاق آمد و فریاد زد :آقای رجایی، حاج آقا برای ثبت‌نام حركت كردند جا نمانید! باورم نمی‌شد، معلوم  شد در تماسی كه با یكی از اعضای موثر دفتر رهبری داشته‌اند از صحبت‌هایی كه رد و بدل شده مخالفتی را از سوی رهبری احساس نكرده‌اند." فاطمه، دختر رفسنجانی می گوید با آنکه تقریبا مطمئن شده بودیم که پدرم ثبت نام نخواهد کرد ناگهان بعد از یک مکالمه تلفنی "پدرم، ساعت 5:30 گفت، بسم الله، برویم".